Под подозрение ФНС вы можете попасть, если закупаете за наличные оборудование или материалы, а получаете оплату от клиентов на банковский счет. По сути, у вас есть поступления средств, но нет затрат на компанию. Вы не производите закупок, но откуда-то берете продукцию на продажу.
Сотрудники налоговой инспекции обязательно обратят на это внимание. Кстати, операцию по снятию всех денег со счета (как только они поступили) банк и ФНС могут посчитать обналичкой. В этом нет ничего противозаконного, но лучше лишний раз не показываться.